Khi chuyến bay nội địa hiệu số JL516 của hãng hàng không Japan Airlines hạ cánh xuống sân bay Haneda (Tokyo) vào lúc 5h47 chiều ngày 2/1 theo giờ địa phương, máy bay đã vô tình va chạm với một máy bay của Lực lượng bảo vệ bờ biển Nhật, khiến phần thân của cả hai máy bay bốc cháy dữ dội. Toàn bộ 379 hành khách và thành viên phi hành đoàn trên chuyến bay của Japan Airlines đã được cứu thoát, nhưng có 17 hành khách bị thương, trong khi đó 5 chiến sỹ trên chiếc máy bay của Lực lượng Bảo vệ bờ biển Nhật Bản được xác định đã thiệt mạng, còn 1 thành viên duy nhất còn sống sót nhưng bị thương nặng. Để biểu đạt sự quan tâm vụ tai nạn thương vong đáng tiếc này, Bộ Ngoại giao đã đăng thông cáo báo chí vào tối ngày 2/1 để bày tỏ lời chia buồn chân thành đến nạn nhân, gia quyến và chính phủ Nhật Bản.
Bộ Ngoại giao cho biết, sau vụ tai nạn, cơ quan ngoại giao Đài Loan đã ngay lập tức chỉ đạo văn phòng đại diện tại Nhật Bản xác nhận thông tin liệu có hành khách Đài Loan bị thương hay không, tuy nhiên phía Nhật Bản tuyên bố không thể tiết lộ thông tin liên quan về hành khách theo Luật bảo vệ dữ liệu cá nhân.
Bộ Ngoại giao Đài Loan cho biết sẽ tiếp tục theo dõi diễn biến của vụ việc, và xem liệu khách du lịch quốc tịch Đài Loan đang ở Nhật Bản có bị ảnh hưởng hay không, nếu có thêm thông tin sẽ lập tức cho công khai trình bày tình hình. Ngoài ra, nếu công dân Đài Loan đang ở Nhật cần sự hỗ trợ tại địa phương, vui lòng chủ động liên hệ với văn phòng đại diện tại Nhật Bản, số điện thoại liên lạc khẩn cấp là: +81-80-1009-7179.
Tường Vy