Bắt đầu từ ngày 01/07, thành phố Đài Bắc thực thi xét nghiệm PCR diện rộng tại các chợ đầu mối lớn, tính đến ngày 02/07, chợ Huannan đã có 41 trường hợp nhiễm bệnh, chợ số 1 và số 2 của công ty nông sản Đài Bắc cũng có người nhiễm bệnh, ước tính tổng cộng khoảng 50 người. Chợ Huanan đã được lệnh ngừng kinh doanh và khử trùng. Ngày 02/07, Trung tâm chỉ đạo Phòng chống dịch bệnh Trung Ương (CECC) cũng đã phối hợp với chính quyền Đài Bắc để thiết lập trung tâm chỉ huy liên hợp, do Phó Tổ trưởng Tổ Ứng biến Y tế của CECC là ông Vương Tất Thắng đảm nhiệm chức vụ chỉ huy, trong hai ngày 02/07 và 03/07 sẽ hoàn tất việc truy vết và lấy mẫu đối với người từng tiếp xúc mật thiết, đồng thời phát tin nhắn cảnh báo, triển khai xét nghiệm diện rộng tại khu dân cư xung quanh, nhằm kiểm soát dịch bệnh trong phạm vi nhỏ nhất.
Về sự kiện lây nhiễm cụm tại công ty nông sản Đài Bắc, Thị trưởng Đài Bắc Kha Văn Triết đã áp dụng theo thứ tự là xét nghiệm nhanh, tiêm vaccine, xét nghiệm PCR, nhưng có chuyên gia không đồng tình với cách làm này. Bộ trưởng Bộ Y tế và Phúc lợi Trần Thời Trung bày tỏ, từ ngày 05/06 là CECC đã yêu cầu chính quyền Đài Bắc xét nghiệm sàng lọc toàn diện tại chợ truyền thống, tốc độ của Đài Bắc quả là có hơi chậm, nhưng quyết định được đưa ra ở mỗi một giai đoạn khác nhau thì khó mà phân là sai hay đúng tuyệt đối, trong lần xét nghiệm diện rộng này đã tìm ra được nhiều ca nhiễm, và cũng đã thành lập trung tâm chỉ huy liên hợp, cần phải giải quyết vấn đề một cách nhanh chóng, mọi lời phê bình đều sẽ không giúp ích gì cho việc kiểm soát dịch bệnh. Tuy nhiên, ông cũng bày tỏ, triển khai xét nghiệm PCR ngay từ đầu là cách làm tốt hơn.
Còn về việc tình hình tại công ty nông sản Đài Bắc và chợ Huannan có gây ảnh hưởng đến thời gian gỡ bỏ cảnh báo cấp độ 3 hay không? Ông Trần Thời Trung bày tỏ, hiện tại vẫn rất khó để biết được rằng phạm vi ảnh hưởng của vụ lây nhiễm tại công ty nông sản Đài Bắc là lớn cỡ nào, CECC sẽ tiếp tục có sự chuẩn bị về lâu dài cho việc gỡ bỏ cảnh báo phòng dịch cấp độ 3 sau ngày 12/07, những quy định liên quan dành cho ngành ẩm thực và chợ đêm cũng đã chuẩn bị sẵn, nhưng với hình tình hiện tại thì e rằng chưa phải là lúc công bố những quy định này. Ông cho biết, việc công bố các quy định liên quan sau khi gỡ bỏ cảnh báo cấp độ 3 có lẽ sẽ phải đợi đến khi tâm trạng của mọi người đã ổn định hơn, các công tác đã chuẩn bị gần xong, nhưng bây giờ chưa phải là lúc, nói chung là bắt đầu từ bây giờ, phải nhanh chóng kiểm soát dịch bệnh.
Ông Trần Thời Trung nhấn mạnh, thời gian gỡ bỏ cảnh báo phòng dịch cấp độ 3 vẫn còn phải tùy vào diễn biến của tình hình dịch bệnh, nếu xử lý không tốt cụm lây nhiễm tại công ty nông sản Đài Bắc thì việc gỡ bỏ phong tỏa khó mà khiến người dân an tâm, mọi người cũng không dám hành động, CECC sẽ cân nhắc thận trọng tình hình để đưa ra đối sách tốt nhất.